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IHU Méditerranée Infection : les différents services d’hospitalisation

L’IHU Méditerranée Infection a ouvert en 2011 dans le quartier de La Timone, à Marseille. Son président est Didier Raoult, et il dirige les équipes de l’IHU dans leurs recherches sur les maladies infectieuses.

L’IHU Méditerranée Infection répond à différents besoins

IHU Méditerranée Infection - Le secteur hospitalisation
IHU Méditerranée Infection – Le secteur hospitalisation

On trouve au sein de l’IHU Marseille un pôle d’excellence, dirigé par Didier Raoult, abritant les équipes de recherche sur les maladies infectieuses. Mais l’IHU contient aussi des services d’hospitalisation.

Un secteur hospitalisation en trois secteurs

Le service hospitalisation de l’IHU de Marseille peut se diviser en trois unités distinctes.

Premièrement, on trouve la partie des maladies infectieuses aigües et post-urgence. Ensuite, le secteur des maladies contagieuses. Enfin, une partie est consacrée aux infections ostéo-articulaires et infections chroniques.

En tout, ces trois secteurs représentent 75 lits.

Au sein de ce service hospitalisation, les équipes d’excellence étudient et analysent les stratégies et possibilités de prise en charge optimale des patients. Cela dans le but d’éviter les infections hospitalières, ainsi que les contagions à l’intérieur de l’hôpital. Toujours dans ce but, les chambres sont toutes individuelles, afin d’éviter les contaminations. Elles sont également en pression négative – ce qui permet d’éviter toute échappée d’agents contaminants à l’extérieur.

Le secteur hospitalisation contient également un étage susceptible de se transformer dans le but de traiter des maladies plus contagieuses.

Des chiffres qui prouvent son utilité

Le département d’hospitalisation a ouvert en décembre 2016. Durant ces 2 ans d’ouverture, le taux d’occupation des lits s’élève à 94.6 %. Cela prouve que l’IHU Méditerranée Infection répond réellement à un besoin urgent.

En termes d’hôpital de jour, l’IHU compte plus d’une vingtaine de lits. Et leur nombre continue d’augmenter.

Durant l’année 2017, près de 2000 séances ont été accomplies, dont près de 70% concernant l’infection au VIH ou à des hépatites virales.

Le nombre de consultations VIH s’élève quant à lui à 5700, et à 5500 pour les consultations de maladies infectieuses. L’IHU a également dispensé 6600 consultations de conseils destinés aux voyageurs.

Pas que les maladies infectieuses

Mais l’IHU met également en place des ensembles de recherche clinique. Ces recherches comptent aujourd’hui 15000 patients.

L’IHU a aussi cherché à développer des stratégies de thérapie innovantes. Parmi elles, la greffe fécale pour les patients souffrant d’infection à Clostridium difficile, ou atteints de nouvelles bactéries très résistantes. Mais aussi, l’utilisation d’antibiotiques anciens, qui peuvent rester actifs sur des bactéries très résistantes.

L’IHU Méditerranée Infection suit également un programme de veille hebdomadaire. Le but de cette veille est de surveiller la résistance aux antibiotiques, mais aussi l’apparition d’épidémie ou encore des phénomènes anormaux.

Également un laboratoire de diagnostic microbiologique

IHU Marseille : diagnostic microbiologique
IHU Marseille : diagnostic microbiologique

L’IHU dirigé par Didier Raoult comporte le plus grand laboratoire de diagnostic des maladies infectieuses de France. On y trouve toutes les technologies qui permettent le diagnostic, que ce soit pour un diagnostic rapide, ou pour les maladies plus compliquées, désormais connues.

L’IHU reçoit plus de 1,5 millions de prélèvements par an en ce qui concerne l’activité biologique. Les recherches et examens sont réalisés sur près de 800 000 cultures : des bactéries, des virus, ou des champignons. De nombreux examens y sont également réalisés sur la recherche ADN, la recherche anticorps…

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L’IHU Méditerranée Infection Marseille partenaire de Kedge Business School

L’IHU Méditerranée Infection et les équipes de Didier Raoult se sont lancées dans un challenge en partenariat avec les étudiants du Master Spécialisé en Innovation Santé de Kedge Business School Marseille. Le but : valoriser le portefeuille d’innovations disponibles au sein de l’IHU.

L’IHU Méditerranée Infection, pôle de recherche majeur

Ihu Méditerranée Infection - pôle de recherche
Ihu Méditerranée Infection – pôle de recherche

L’IHU, présidé par Didier Raoult, produit tous les ans 700 publications. Celles-ci sont publiées dans des revues scientifiques internationales. Elles concernent des études principalement axées sur la microbiologie clinique et les maladies infectieuses.

Ce travail sur les maladies infectieuses a permis à Marseille de devenir un endroit important et réputé en matière de recherche en maladies infectieuses. Les équipes de recherche de Didier Raoult, de l’IHU ont apporté des contributions majeures à la recherche, au niveau mondial, dans différents domaines. Par exemple

  • La lutte contre les zoonoses et les maladies à transmission vectorielle
  • Mais également la lutte contre les maladies à transmission vectorielle
  • La lutte contre les nouveaux agents infectieux
  • La lutte contre les agents du bioterrorisme
  • La génomique des agents pathogènes humains
  • L’immunologie
  • La biologie structurale des agents infectieux

Comment valoriser toutes ces études ?

Toutes ces recherches, tous ces travaux ont amené au dépôt d’une quarantaine de brevets. Il est désormais primordial de les valoriser, les mettre en avant afin d’en faire bénéficier la santé publique et l’économie de la Région.

Cela peut passer par la création de startups : celles-ci, si elles évoluent dans un espace dédié au transfert technologique, peuvent faire office de symbiose entre la recherche, l’hôpital et l’entreprise.

L’IHU de Didier Raoult et Kedge Business School : une association logique

IHU Méditerranée Infection et Kedge Business School Marseille
IHU Méditerranée Infection et Kedge Business School Marseille

Eric Chabrière est le Directeur de recherche de l’Équipe Bio cristallographie Biotechnologie et Enzymologie Structurale, mais il est aussi responsable de la valorisation de l’IHU Méditerranée Infection de Marseille. Selon lui, son métier est « d’innover en Biotechnologie », et il assure que « les compétences en management des élèves et encadrants de Kedge Business School aideront à capturer, protéger et valoriser [les] innovations [de l’IHU] ».

Christophe Mousset, lui, est directeur de la Relation Entreprise au sein de l’école de Kedge, à Marseille. À son avis, Kedge Business School peut « aider l’IHU à former les futurs CEOs des start-ups créées pour exploiter [ses] brevets, dans le cadre [du] Master Spécialisé en Innovation Santé ».

Le Challenge Open Innovation Entreprise

IHU de Didier Raoult - challenge entreprise avec Kedge Marseille
IHU de Didier Raoult – challenge entreprise avec Kedge Marseille

En 2018, les équipes de Didier Raoult de l’IHU Méditerranée Infection et Kedge ont travaillé main dans la main sur des thématiques proposées par deux startups de  l’IHU, Gene & GreenTK et XEGEN.

  • Gene & GreenTK est une société de biotechnologie spécialisée dans le développement d’enzymes hyperthermostables pour traiter les problèmes d’environnement et de santé.
  • XEGEN est une entreprise de bioinformatique spécialisée dans l’analyse de données et l’annotation de haute performance et de haut débit pour le séquençage NGS – « Next Generation Sequencing ».

Les premières missions ont été dirigées par Paul Gimet, directeur du MSIS de Kedge. Elles ont donné lieu à des résultats de qualité, ce qui a contribué à accélérer les projets engagés.

Un challenge qui a porté ses fruits

La société XEGEN, incubée à l’IHU (qui a développé un outil bio-informatique pour l’analyse de polymorphismes de régions complexes) a tant apprécié la première expérience pédagogique de collaboration avec Kedge, qu’elle souhaite recruter un étudiant du Master Spécialisé en Innovation Santé. Ce recrutement servirait à valoriser l’innovation de l’entreprise, et se lancer dans le développement d’un nouveau marché.

À côté de cela, l’IHU Méditerranée Infection propose un stage à un étudiant du Master. Celui-ci aura pour mission d’identifier les perspectives de valorisation d’une ou plusieurs catégories de brevets identifiées au préalable – parmi les brevets de l’IHU Méditerranée Infection.

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Les équipes de l’IHU de Marseille diffusent un MOOC sur le paludisme

L’IHU Méditerranée Infection de Marseille, dirigé par Didier Raoult, a récemment diffusé un MOOC sur le paludisme. En effet, la ville a connu de nombreuses épidémies mortelles, ce qui l’a conduit à devenir un centre de recherche important concernant la médecine tropicale.

L’histoire de Marseille a articulé la recherche en médecine tropicale

L'IHU Méditerranée Infection - MOOC sur le paludisme
IHU Méditerranée Infection – MOOC sur le paludisme

La ville de Marseille a, depuis l’Antiquité, malheureusement, un historique très lié aux maladies infectieuses. En effet, de par son histoire avec l’Orient et le Sud, la cité phocéenne a subi de nombreuses épidémies dévastatrices. La dernière épidémie fut celle de la peste, au début du 18è siècle.

En réaction à cela, la ville de Marseille est devenue un pôle de recherche et de formation important en matière de médecine tropicale. L’IHU Méditerranée Infection, dirigé par Didier Raoult, se place comme héritier de cette tradition de recherche.

L’IHU Méditerranée Infection partage de son expertise

Didier Raoult - le mooc de l'IHU Marseille
Didier Raoult – le mooc de l’IHU Marseille

L’IHU Méditerranée Infection, fort de son excellence scientifique, a réalisé avec les équipes de Didier Raoult un MOOC sur le paludisme.

(Un MOOC est un cours d’enseignement diffusé sur internet. Le terme vient de l’anglais Massive Open Online Courses et définit ces cours à distance, gratuits et ouverts à tous).

Le MOOC de l’IHU est disponible en ligne, gratuitement, sur le site de formations de l’IHU Méditerranée Infection. Il vise un public très large : grand public, étudiants, chercheurs, voyageurs… Ou tout simplement des spectateurs curieux d’en savoir plus sur cette maladie parasitaire, qui est un réel enjeu de santé publique à l’international (on a compté plus de 400 000 décès en 2016).

Le MOOC offre un état des lieux poussé et approfondi des défis que pose la maladie, le moustique, les traitements existants et ceux sur lesquels les scientifiques travaillent, les précautions à prendre avant les voyages dans les zones touchées…

Le MOOC a été réalisé grâce au travail de chercheurs internationaux. Certains sont venus en France depuis le Mali ou le Sénégal. Les cours sont dispensés par 7 experts francophones à renommée mondiale. Parmi les experts, le regretté Professeur Ogobara Doumbo, qui était spécialiste du paludisme, et disparu en 2018.

Le paludisme : introduction

Pour rappel, le paludisme, traité dans ce MOOC par les équipes de Didier Raoult, de l’IHU, est une maladie provoquée par des parasites.

L’OMS indique que cette maladie cause chaque année environ un million de victime dans le monde. Sur terre, beaucoup plus d’un tiers de la population mondiale y est exposée. On peut observer 500 millions de cas cliniques par an.

La situation est préoccupante, car depuis quelques années, les parasites responsables semblent développer une résistance aux molécules antipaludiques. On peut ajouter que les moustiques craignent de moins en moins les insecticides.

Malheureusement, aucun vaccin n’est encore disponible.

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L’IHU de Marseille fait le point sur les antibiotiques

Récemment, le ministère des solidarités et de la santé a enclenché une campagne de communication afin de rappeler l’usage correct des antibiotiques. Sous la direction de Didier Raoult, l’IHU Méditerranée Infection, à Marseille pense que le débat est complexe, et apporte son analyse.

Quelques rappels sur les antibiotiques

IHU Méditerranée Infection : rappels sur les antibiotiques
IHU Méditerranée Infection : rappels sur les antibiotiques

Pour comprendre de manière claire le rôle des antibiotiques, on peut commencer par décomposer la racine du mot. En effet, en grec ancien, anti signifie « contre », tandis que bios signifie « la vie ». Le but d’un antibiotique est de détruire, ou simplement bloquer la multiplication et la croissance de bactéries.

Beaucoup d’antibiotiques sont composés de molécules naturelles, comme des champignons ou d’autres bactéries. Ils peuvent également être composés de substances chimiques, naturelles ou synthétiques.

Deux familles d’antibiotiques 

On distingue deux catégories d’antibiotiques. Ceux qui tuent les bactéries, que l’on appelle les bactéricides. Il y a également ceux qui se contentent de stopper leur croissance, leur prolifération ; On les nomme les bactériostatiques.

 

Des données contradictoires

Didier Raoult : la résistance aux antibiotiques, surestimée ?
Didier Raoult : la résistance aux antibiotiques, surestimée ?

En France, les analyses évaluant la mortalité attribuable à la résistance aux antibiotiques indique un taux de mortalité à 12 500 décès par an. Cela représente plus du tiers des décès attribués à des infections bactériennes.

Cependant, l’IHU Méditerrané Infection de Marseille, avance que le problème de la résistance aux antibiotiques est surestimé, exagéré. En effet, les équipes de Didier Raoult ont analysé des bactéries chez des patients décédés. Ils ont remarqué qu’aucune de ces bactéries n’était résistante aux antibiotiques.

Des arguments publics démentis par l’IHU Méditerranée Infection

C’est pourquoi l’IHU de Marseille considère qu’utiliser l’argument de la peur de la résistance des bactéries est dangereux. Les équipes de Didier Raoult assure que, si les antibiotiques sont bien inutiles sur les virus, ils ont un effet sur les bactéries.

Les bactéries infiltrent le système immunitaire lorsque celui-ci fait preuve de fragilité. Elles provoquent des infections qui peuvent tuer. Par exemple, on estime que la grippe espagnole aurait pu tuer moins d’européens sans surinfections bactériennes. Les antibiotiques peuvent éviter ces surinfections si l’usage des antibiotiques était généralisé, par exemple durant des grippes sévères.

 

Les antibiotiques et l’industrie pharmaceutique

IHU Méditerranée Infection : Les antibiotiques et l'industrie pharmaceutique
Les antibiotiques et l’industrie pharmaceutique

Aujourd’hui, l’industrie pharmaceutique ne considère pas les antibiotiques comme rentables. Du coup, elle attribue peu de financement à cette branche. C’est donc l’État et les collectivités qui financent les travaux autour des antibiotiques, à la demande des scientifiques de ce secteur. D’après les membres de l’IHU, il est évident que chaque chercheur et chaque scientifique met en avant son propre champ de recherche par rapport à ceux des autres.

 

Les antibiotiques : l’avis de Didier Raoult

Didier Raoult, le directeur de l’IHU Méditerranée Infection à Marseille, s’est exprimé sur le sujet. Il avance que depuis pas mal de temps, « on nous fait croire que la résistance aux antibiotiques va décimer l’humanité ». À son avis, cette idée et totalement erronée. Il rappelle que « les bactéries multirésistantes sont extrêmement rares ». Il explique que dans la région Provence-Alpes-Côte-d’Azur, l’IHU analyse 80% des bactéries isolées, et que ses équipes n’en n’ont jamais trouvé une qui résiste à tous les types d’antibiotiques.

 

 

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Les recherches en paleomicrobiologie à IHU méditerranée

Regroupant à la fois la microbiologie, la paleopathologie et l’archéologie, la paleomicrobiologie est une branche scientifique qui fait l’étude des grandes pandémies du passé. En tant qu’établissement de référence en ce qui concerne les maladies infectieuses dans le monde, IHU méditerranée fait de la paleomicrobiologie une de ses priorités. À cet effet, elle met à son attention ses équipes de recherche, mais aussi son système de surveillance épidémiologique.

La surveillance épidémiologique

Didier Raoult
La surveillance épidémiologique

L’une des principales missions d’IHU méditerranée, c’est de prévenir les maladies infectieuses. À cet effet, elle utilise entre autres moyens la surveillance épidémiologique. Pour réussir cette surveillance, cette institution s’est entourée d’une équipe de statisticiens ainsi que d’outils informatiques appropriés. Ces outils lui permettent de suivre en temps réel l’évolution des prélèvements effectués par les laboratoires. Ils lui permettent de voir également le nombre de patients qui suivent une consultation, tout ceci par catégorie de maladies. La surveillance épidémiologique passe également par la connaissance du nombre de microorganismes qui sont diagnostiqués en laboratoires. Ceci permet de prendre connaissance de leur résistance ainsi que leur évolution. Plus loin encore, Méditerranée Infection fait également usage d’un dispositif lui permettant de connaître l’évolution des pathologies infectieuses et tropicales qui sont ramenées sur le continent européen par le biais des personnes venant d’autres continents. Ce dispositif porte le nom d’EuroTravNet. La mobilisation de tous ces moyens humains et techniques lui permet ainsi de prévenir de nombreuses pathologies.

Les équipes de recherche de l’IHU

Cet établissement hospitalier compte de nombreuses équipes de recherche qui se penchent sur des questions de la microbiologie, y compris celles de la paleomicrobiologie. En plus de ces équipes, on trouve également le projet GIRAFE et le projet REMEDIER, qui travaillent également sur les mêmes questions.

La première équipe est dirigée par Didier Raoult. C’est celle des Rickettsies. En partenariat avec le Centre National de Référence pour les Rickettsies, cette équipe a élargi son champ d’activités jusqu’aux pathogènes émergents. Elle est en charge du développement de cinq projets. Le premier projet porte sur le Centra National des Rickettsies et les zoonoses. C’est la part thérapeutique de ces zoonoses qui constituera le deuxième projet de l’équipe. Pour ce qui est du troisième projet, il porte sur la maladie de Whipple, maladie pour laquelle Méditerranée Infection détient le leadership mondial. La suite des recherches sur certains aspects des maladies infectieuses constitue le cinquième projet. Celui-ci s’attarde sur les causes de ces infections ainsi que les stratégies de management qui leur sont appliquées. Le cinquième et dernier projet dirigé par cette équipe porte sur les microorganismes du tube digestif sur le continent africain. À cet effet, l’URMITE travaille avec l’IRD du Sénégal. La gestion de chacun de ces cinq projets se réalise par étapes.

La deuxième équipe de recherche, travaillant également sur des questions de paleomicrobiologie à l’IHU méditerranée, est dirigée par le Professeur Michel Drancourt qui est accompagné par quatre autres chercheurs. Cette équipe a pour objectif de développer de nouvelles approches pour la détection des pathogènes. La troisième équipe est composée de onze chercheurs à la tête desquels se trouve Eric Ghigo. Cette équipe a pour projet d’analyser la réponse apportée par chaque genre aux attaques des agents infectieux. Cette équipe compte travailler sur plusieurs autres projets portant toujours sur les agents infectieux. La quatrième équipe, dirigée par Bernard La Scola, se penche sur quatre projets qui portent tous sur les nouveaux virus qui se développent dans l’environnement et le monde alimentaire. Huit chercheurs composent la cinquième équipe, qui est dirigée par Philippe Parola. Il existe d’autres équipes qui mènent également des projets portant sur des aspects de la paleomicrobiologie.